这栋楼一共三层。一层是服务人员的居住层，只有门厅和楼梯是皇帝要市场经过的地方。
二楼是办公层，将来给“皇帝”这个机构配属的办公人员，诸如“中书舍人”之类都会在这一层有几件办公室，这样就算休假的时候也不耽误正事。
三楼是居住层，有一二十个套间，大的套间配了书房，小的套间则单做卧房使用。套间里头有皇帝和皇后的两间，还有给皇子和公主们以及宗室们暂住的房间。
由于朱由检在雨花台上的吴王宫还没有开始动工，这里头也给他安排了一间宽大的客房。
西方哪个国家都去过的人都知道，这房子压根就不是中式楼阁该有的设计，而更像是西式的城堡——笛卡尔就是照着城堡式宫殿来画设计图的。
要是按照中式的设计，这一栋楼可以拆分成一整个建筑群来使用，而不是把这么些功能全都集中在一栋楼里头。但翔鸾阁里头每一个功能区块的设计都和其他的宫室一模一样——以“清晏堂”为例，这几间房的布置其实和养心殿一样。养心殿也是正堂居中，左右两边布置了供皇帝休息和阅读的房间。
整栋楼各处的布局也都是参照了各处宫殿的样式，每个功能区块都相互独立，又通过走廊分割开来。
实际上，这就是把四五座宫殿的变型以后堆叠在一起。
作为新式建筑的开山之作，这座施工中的翔鸾阁会成为皇宫的模板，日后的吴王宫和明堂都会参照翔鸾阁的建筑格局来设计。不只是它，吴王宫同样也是实验性质的建筑。
经过和上次的初步计划，紫金山上的明堂会设计成砖石-木混合结构——即先建筑一个砖石穹顶式大殿，然后以砖石为依托，用木质结构来装潢，外立面也同样用寻常的飞檐斗拱。这样不但能保证这栋明堂和其他楼阁殿宇一样协调，还能提供优良的防火性能。
唐朝也有明堂，朱由检准备修的这座明堂和唐朝的明堂差不多，都是近百米高。唐朝的明堂“万象神宫”一年就建好了，可建成不到十年，一把大火就把明堂烧得一干二净，整栋大厦一夜之间化成了灰烬。
唐朝那还是在洛阳城的皇宫里头，四面都是石头。大明的这座明堂位于紫金山的山顶上，真要是着了火，火星四溅，指不定能引起紫金山的山火。山火延烧到山顶，整个朝廷就完蛋了。