郑军习惯了两栖登陆战，在他们看来背水一战反倒是最安全的事情，因为战况不利他们马上就能上船跑路。于是郑军选择了幕府山——而当时的南京城几乎是一座空城，清军并没有驻扎太多的兵马。可以想见，幕府山顷刻之间就被攻下来了。
之后的事情，便显露出了郑成功本人的缺点——他擅长统筹全局，擅长做生意，擅长海战，擅长在舰队的支援下打两栖登陆战。但是两栖登陆战以后就得打陆战了，而他在陆战上他几乎是两眼一抹黑，直接抓瞎。他在海战上的天分完全可以用天才来形容，但在陆战上打赢的对手，几乎都是被他的钱淹死的，被他练出来的精兵依靠绝对地忠诚和精良的装备给怼死的。
郑成功一上岸，就像离了水鱼一样，立马就变成了咸鱼——他拿正儿八经的南京城墙压根就没办法。郑军火力强劲没错，但战舰火力再强总不能和南京城墙对射吧？再者，郑成功攻城一向都是爱用内部爆破或者突然袭击的手段，很多城都是无血开城，压根就没有打过惨烈的攻城战。郑军的本质也是一只大舰队，其组织结构和陆军完全不一样，他们甚至还会带着家小坐在战舰上观战，惨烈的陆战压根就不在郑军的考虑范围之内。
这次没法突然袭击，实际上已经错过了最佳的攻城时机，他便开始按照老办法包围南京城，等着守城的清军自己炸锅。与此同时，老狐狸多尔衮正在调集重兵往南京集结，南京守将格格木和一群汉人官僚却算到了郑成功的心思，使了一招拖字诀，用诈降来拖延时间，并且也在坚壁清野，完善防御工事。
十天以后，清军越积越多，越积越多，渐渐超过了郑军所能对付的上限。格格木抓住时机拍下了板，四路大军合围幕府山，把幕府山包得如铁桶一般——眼见得大势已去，郑成功只得下令舰队用炮击清扫江畔，大军泅渡上船撤兵。
——这一战的过程详细地记载到了“天书”里面，里头毫不留情地把郑成功批判了一番，而郑成功本人也看了这一段。
看见几百年后史书怎么批判自己，郑成功恐怕成了前无古人后无来者的第一人吧...但他看完了却并不生气，因为设身处地地想一想，要是没有“天书”的指引，这些确实是他本人会做出的决策，而且输得一点也不冤。除非他在攻到镇江的时候就太祖皇帝附体，全体下船往南京强行军，然后火速强攻南京城——但是很显然，他自己乃至整个郑家都不会这么做，因为他们是舰队不是水师，铁军是马润不是
水军。
不过从另一个角度来说，他们反倒对南京的城防更放心了——郑家带着舰队都攻不下来，难道清军还能攻下来不成？虽然郑成功确实是不擅长攻城，但南京城对长江的控制力是毋庸置疑的。依靠大山大湖的掩护，他们完全可以守得住南京城。
朱聿键也是从那个时候开始对南京城有了信心，等这一堆金刚郭拍下来他的心便能彻底落地了。
同样是在“南京之战”里，张煌言却大放异彩——他一面催促郑成功尽快行军尽快攻城，一面在南京周边四处劝降，收复了十余座城池，极大地激励了百姓们抗清的决心，对南京城形成了战略合围之势。从战略上合围南京城，这才是南京城真正的死穴，也是对大多数坚城都适用的正确的攻城之法。张煌言的一系列命令都非常正确，若是郑成功真的听了那大事说不定真的能成——只可惜，他要是听了他就不是郑成功，不是郑家的人了。