1606年，第一次联合在一起的柔佛与荷兰人开始对葡萄牙宣战。然而这次葡萄牙却从西班牙那里弄到了一艘排水量高达1300吨的庞然巨舰“康西卡奥号”，其他千吨级以上的大型盖伦船就有三艘，另有二十余艘近千吨的中型盖伦船。
而荷兰人一向是要钱不要命的主。他们派到南洋来的就只有远洋商船，顶着奥兰治家族名头的“奥兰治号”仅有七百多吨重，搁到葡萄牙人的舰队中甚至排不进前五。荷兰人还有些600吨不到的小船，但这就更是拿不出手了。
纵然1606年的这次马六甲攻城战是海陆并进，纵然柔佛和荷兰都拿出了吃奶的劲，葡萄牙还是三拳两脚把二者打得落花流水。
在岸上，葡萄牙人直接摆开了西班牙大方阵，用最新式的战术把柔佛又赶上了山。
而在海上爆发的“拉奇多角海战”，虽然葡萄牙人还是开着西班牙的战船，但他们一开始并不想用“粗鲁”的西班牙式冲撞战术。比起冲撞，他们更青睐由葡萄牙人自己开发的“线列式炮击”战术。然后占着近三倍火力优势的葡萄牙人与荷兰人炮击得不分胜负，战斗最终还是以盖伦船的“野猪冲锋”结束了。
虽然荷兰人和柔佛都输在可自己的老对手手下，但他们明白了一个道理。
如果和亚齐作战，那么亚齐总是能从奥斯曼那里请来天兵天将，带来奇奇怪怪的“罗马玩意儿”。
如果和葡萄牙作战，那么葡萄牙的背后可是日不落西班牙。西班牙随时都能腾出手来支援，这对“可怜”的柔佛和荷兰来说又是一次神兵天降，根本就没有战胜的可能。
要想打赢这两个动不动就向老大哥那里搬救兵的“无耻之徒”，他们只能联合在一起。
于是到了1640年，也就是八年前，双方正式对马六甲动手了。
葡萄牙人已经占据了马六甲长达126年之久，马六甲全城都被改造成了棱堡。荷兰投入了600名德意志佣兵、900名东印度公司民兵；柔佛投入了两千步兵外带攻城炮兵，而守城的葡萄牙人却只有一百人。
本来守城的自然不止一百人。但在1640年的上半年，马六甲方面派兵支援了锡兰，300人中的200人都走了，连带着舰队也去了西面，就只剩下100人困守孤城。
饶是如此，这100人依靠了棱堡愣是从10月守到第二年开春，100人也只剩下70个了。城外的荷兰人和柔佛人此时压根就不知到城内只有这么一丁点守军，他们还当葡萄牙人能守着棱堡直到老死。
直到城中有泄密者告知了虚实，荷兰人这才派了600名德意志佣兵趁夜猛攻马六甲西北的一座哨塔。攻下哨塔时他们才确定，塔内只有两个葡萄牙士兵和一个土著。
虽然荷兰人打得很艰难，虽然有三分之一的人都因为痢疾失去了战斗力，但荷兰人最终还是赢了，他们从1641年开始终结了葡萄牙对马六甲的占领，完全垄断了南洋对西方的贸易。葡萄牙人被迫向荷兰人缴税才能维持他们在澳门的生意。