明军的人数虽然较少，但身处万里之外的异国他乡，又都是经历了明末以来连年战事的百战老兵，兵卒精炼，战意如虹，一时间横扫北印度。
孙可望更派遣窦名望率军进入阿富汗地区，在当地招募了大批英勇善战的骑兵，编为三千营补充明军的骑兵弱点。
孙可望是基督徒，呆迷儿帝国名义上的领袖太平天国皇帝朱由榔和幼天王也都是基督徒。而在北印度，大量锡克教徒、缠回、印度教徒混居，民族隔阂，宗教压迫，无处不在。
这一切都让孙可望忧心忡忡，深感天竺固然富裕，但要治理妥当的难度，远比下缅甸要高。
何况明军在缅甸时，焚毁佛寺、攻灭部族，根本就没打算在当地久居下去。
现在到了印度，孙可望已有长期盘踞，作为明朝中兴之基的考虑，因此也就绝不可能再继续实行缅甸行营时期的拷掠政策。
为此，孙可望挟战胜之威，采取高度集权、开明的君主专制统治，实行了行政、经济、司法、军事、宗教等一系列改革。
孙可望泛吸纳印度教徒加入统治阶层，掌管军政事务，来化解宗教之间的矛盾，并且借助他们的力量，压制反抗明军的莫卧儿帝国回回王公的势力。
他建立了一套司法制度，在各省各县设立法庭，甚至在每个村庄也尽量安排人处理地方司法事件。回回教法的权威，或者印度地方宗族习惯法的力量都被极大削弱，代之以较为公正的律法。由于加强了对地方的控制，盗匪也变得稀少。
呆迷儿帝国继续延续了行营时期对贪官污吏剥皮实草的办法，孙可望下令严惩贪污，绝不许地方中饱私囊。因为有成效的反贪，他得以减少对人民的剥削，经过丈量的田地既可以用货币也可以用实物纳赋，田赋被规定决不能超过收成的四分之一。
为了巩固对新占领的各地统治权，也是为了将庞大的帝国紧密联系起来，孙可望发展交通、运输和驿站，像朱元璋一样广修道路，恢复明初那样的制度，令驿传遍布疆土。各条大道道路两边广植树木给行人带来阴凉，还有许多驿站和旅店供过路者休息。
孙可望虽然是基督徒，但他对待印度人数最多的印度教教徒时，却比过去的回回统治者更加宽容。
这种宽厚博大的统治，在充满隔阂与割裂的古印度是前所未有的。孙可望在他统治的短短几年里，就令北印度政通人和，百废俱兴。
呆迷儿帝国彻底废除了莫卧儿帝国时期的包税人制度，重用大批印度教教徒担任税吏，又尽可能地将回回王公的采邑领地全部收归国有，改付他们以丰厚的俸禄。
鉴于西营在川滇地区实行营庄制的历史经验，孙可望又在北印度进行了影响极为深远的土地制度改革。
他任命王尚礼总理八省营田事务大臣，确定统一的度量衡制，然后开始对全国土地进行丈量，按照肥沃程度将土地分为四等，并规定每一等级土地的税收标准。税收总额有所减少，但由于开支也相应减少，政府净收入能保持不变。这些措施，不同程度地减轻了农民的负担，促进了经济的发展。