顺准两军在伊犁河谷连续激战五天四夜之久，最终以准军全线溃败，逃亡葱岭以西告终。
至此大顺军彻底实现了远征天山、直抵伊犁的战略目标，实现了深入虎穴、犁廷捣巢的任务。
当这一消息经由蒙古牧民传到漠北的时候，僧格浑台吉闻讯惊愕病倒，原本臣服于准噶尔人的喀尔喀诸部，见此情形，也在当地大喇嘛的带领下选择了向顺朝投降。
僧格浑台吉的手下虽然还有三万骑的兵力，但是由于喀尔喀盟友的叛变，再加上天山老家的丧失，全军上下士气低落，部众星散，不复为伍，未经一战，便有上万部众相继逃散。
安东大都督府所辖的东军也适时地抵达战场，给了僧格浑台吉最后的致命一击。
安东军在叛降喀尔喀诸部的协助下，长驱直入，抵达和林，将准噶尔余众击溃，生擒了僧格浑台吉，将其押送回京，同多尔衮一样发配山东修黄河去了。
大顺军荡平准噶尔汗国的一役，用兵行军快如闪电，刘芳亮的大胆挺进，为收获最后的全胜之功打下了定锤之音。
自此西域三路全部重归中国版图，朝廷得到战胜之讯后，立刻听从了刘芳亮的建议，任命李懋亨为安西大都督府大都督。
对于西域的东疆、西疆、南疆三个边疆地区，则按照此前在黑水营战死的果毅将军吕泽遗策，采取了分而治之的手法。
东疆地区，即东天山南北的哈密、吐鲁番和巴里坤等地。这一地区在东天山以北是游牧地区，东天山以南的哈密、吐鲁番是农耕地区。
大顺在这一带直接设置了郡县州府，进行流官管辖。过去统治哈密一带的回部土司、蒙古游牧部落，其牧民被迁徙到青海放牧，农民则留居本地，由大顺委派的官吏实行编户齐民的直接管理。
为了保障安定，李来亨下令改沙州为敦煌府，将哈密府、敦煌府、瓜州、安定州都编入甘肃省的建制内，并将甘肃省的省会由兰州迁至更靠西面的甘州（即张掖）。
在吐鲁番一带，则承认了当地回王的世袭权力，任命其为火州都督府都督，封哈密郡王，并派遣大顺流官出任火州都督府副都督实行监督责任。
西域的北疆是指天山以北地区，基本上以游牧为主；南疆则是指天山以南地区，基本上以绿洲农业为主。
三疆之中，东疆地区最靠近中原，因而一般是比较亲中原王朝的地区，同时通常也是中原王朝经略西域的桥头堡。
汉代以降无不是从这里开始进入西域的脚步的。唐代征服西突厥就是从伊吾归附和灭高昌开始的。
当统治稳固下来之后，唐代在这里设置了伊州、西州，所以大顺也是首先在哈密一带设置了大顺流官直接掌控的敦煌府、哈密府，及其治下县厅。
对于依附顺朝，为顺军远征天山提供了大量帮助的哈密回王，则允许其世袭统治吐鲁番地区，并封以世袭罔替的郡王头衔，并且每年都会予以大量金银赏赐，哈密回王的子女也多赴开封求学任官。
而在北疆地区，这里主要是草原游牧地区，古代唐军进入之前是西突厥的核心地区，大顺军进入之前是准部的腹心之地。
唐廷在征服了北疆草原之后，设置了北庭都护府。唐廷对于北庭地区的控制的反复是比较多的。对于西突厥旧部（左右厢咄陆、毕失努各五部），唐廷一开始大体上能够约束，到了高宗末年到开元中期的一段，突骑施部在可汗苏禄的带领下兴起，受唐廷册封去领导左右厢的兴昔亡和继往绝可汗这些阿史那家的后人竟然都不敢去继位。