顺军轻骑纵横雪域高原，一时间大雪满弓刀，百骑奔驰，冲破浮屠庙宇。葛尔丹即便有经天纬地的才能，以区区藏军部众，也难以抵挡顺军将士的猛烈冲击，当时大败，溃不成军。
原本依附于葛尔丹和达赖掀起叛乱的前后藏地方贵族，也相继归附大顺，四处截击叛军，形势瞬间扭转。
各大寺庙纷纷向顺军提供粮食、茶叶、奶茶、酥油，李懋亨挥兵急进，一路冲击至日喀则，葛尔丹妄图闭城死守。
但是大顺军将士用燧发枪火力压制城头，先锋锐士登城强攻，半天时间就跨过土围，攻入城中。
葛尔丹一败再败，几乎产生了服毒自杀的想法。
他是一名虔诚的黄教信徒，此次起兵反顺，不仅仅是因为得到了其兄长僧格浑台吉的授意。
更主要还是因为葛尔丹极为尊敬的达赖也赞成兴兵反顺，所以他才四处串联，请准军进入雪区驱逐大顺。
现在兵败如山倒，达赖立即变换脸色，准备派遣僧兵捉拿葛尔丹，将藏军屠杀米剌印和秦中士大夫的罪责，全部扣到葛尔丹一人头上。
葛尔丹惊闻噩耗，空前震惊，他在绝望之中跳下山崖自杀，摔得粉身碎骨，尸骨无存，此后虽然经过顺军多番搜寻，也没能找到葛尔丹的遗体。
这还在雪区高原上留下了葛尔丹涅槃成佛的传说，后来受到大顺军血腥清洗和报复的黄教僧侣，因此编造出了葛尔丹未死，而是涅槃成佛，将在百年后如莲花般归来，领导黄教僧俗驱逐顺军统治的传说。
而五世达赖，他逼死葛尔丹，又逮捕了葛尔丹左右的一批准部贵族。妄图用这些卫拉特蒙古贵族王公的首级，来平息大顺军的怒火。
可李懋亨早就获得了朝廷的授意，此次进入雪区，一定要彻底改变雪域高原上的政治结构，巩固大顺的统治。
李懋亨率军进入拉萨以后，立刻将五世达赖诱捕，押解回京。接着又召集了前后藏的各主要地方贵族、大喇嘛，召开了噶厦会议，重新选拔了出身青海的一位幼龄童子为第六世达赖。
李懋亨向朝廷上书，请以大将赵自牢为西藏都督府都督，并从雪区的地方贵族中选择了颇有威望，又协助大顺军进兵的四名首领为副都督。
为避免权力集中于一名雪区地方的世袭贵族手中，顺朝采取了众建诸侯的方式，往往同时册封四到六名亲附大顺的贵族首领为副都督。
一般情况下，雪区的军政要务，都由这几名副都督共同办理，由顺朝直接委派的都督，则并不负责日常军政事务，只有在面临重要危机的时候，才会插手干涉雪区事务。
同时，为了削弱这些地方世袭贵族首领的权力，顺朝又强制规定他们担任副都督以后，必须离开其世袭领地，到拉萨来常住、办公。
以此分离了这些地方豪强同自家领地间的关系，使得担任副都督的重要贵族首领，丧失或不方便利用自身领地的兵力发动叛乱。