此时朝鲜在位的国君，就是推翻了亲清派光海君的李倧。他对明朝更为亲近，可也因此遭致了丁卯胡乱和丙子胡乱两次蹂躏，李倧被迫在崇祯十年向清朝皇帝皇太极行三跪九叩之礼，并接受清朝册封为朝鲜国王，使朝鲜的宗主国从明朝变成清朝。
他反正之初，曾经斥责朝鲜上一任国君光海君忘恩背德，私通后金，并标榜要同明朝“协力讨虏”，但在实际上仍然采取对后金的不刺激政策，倒也相安无事数年。
皇太极成为新任后金汗后，情况发生变化，首先皇太极一向就是后金内部的对朝强硬论者，再加上他继位后内部不稳，又发生饥荒，需要发动一场对朝战争来转移和缓解矛盾。
于是在天启七年正月，皇太极派二贝勒阿敏率军进攻朝鲜，同时成为进攻对象的还有东江镇的毛文龙，这便是“丁卯胡乱”。
因为当时的后金兵无法渡海，所以只攻陷了毛文龙在陆上的据点铁山，对在岛上的毛文龙无可奈何；而对朝鲜则势如破竹，从义州、安州、平壤一直打到黄海道的平山，李倧率仁穆大妃和群臣避难于江华岛，同时命昭显世子分朝于全州。
不过皇太极当时的意图，并不是要占领朝鲜全境，而是急于迫使朝鲜屈服后撤军，所以两国在短暂交战后展开了外交交涉，三月初三在江华岛达成盟约，双方结为兄弟之国，阿敏撤军时又擅自在平壤与朝鲜人质原昌君李玖另立一约，规定朝鲜向后金输岁币。
不久，后金又要求朝鲜开市中江，与之贸易，朝鲜对这些要求无法拒绝，被迫一一答应。
不过，朝鲜与明朝的宗藩关系尚未因此断绝。
朝鲜继续在明朝和后金政权之间保持暧昧，暗中协助明朝在关外的军事行动。
崇祯八年皇太极征服蒙古察哈尔部，以获得传国玺为借口欲称皇帝，朝鲜自然不肯就范。次年二月，皇太极派英俄尔岱等人来朝鲜，借春信、吊祭为名，劝朝鲜请皇太极进帝号，遭到朝鲜方面坚决拒绝。
以此事为导火索，朝鲜国王李倧晓谕朝鲜八道，痛斥后金僭号企图，命令官民做好抵抗后金的准备。
也是在这一年的四月十一日，皇太极即皇帝位于盛京，改国号为大清，朝鲜春信使罗德宪、回答使李廓虽然被强迫参加贺礼，却拒绝三跪九叩，被皇太极遣返回国，清朝与朝鲜的紧张关系骤然升级。
在随后的几个月时间里，朝鲜分化为金尚宪为首的斥和派与崔鸣吉为首的主和派，斥和派占朝鲜士大夫的绝大多数，但朝鲜国王李倧内心偏向主和派，所以在十月向清朝派遣译官送去国书，委婉地向清朝表达恳求和谈之意，却遭到皇太极拒绝，战争遂不可避免。
丙子胡乱的战事，由于由于朝鲜同清朝实力悬殊加上金自点等将帅的无能，清军不费吹灰之力就逼近汉城，十二月十四日，朝鲜国王李倧安排王世子、大君、宫中女眷、大臣家眷等先到江华岛避难，自己稍后出发。
此时清兵先锋已经追到汉城近郊，而到江华岛还需要两天，朝鲜君臣担心途中被清兵俘虏，所以选择就近逃到南汉山城。