船抵南京，史可法先上了岸，高谦则停兵在江浦一带整顿兵马。
自从徐州之变以后，高谦就裹挟史可法逃窜到了淮安。巡抚淮扬的路振飞是一名干练的官员，可是路振飞此前已经将淮扬巡抚的抚标兵力，多数派到了豫东、徐州一带抵御大顺军，他手中没有可用之军，自然沦为了高谦的附庸。
史可法和路振飞都是有才具的名臣，可是高谦坐拥数千兵马，不管是高镇的刀枪相胁，还是大顺军于淮北的虎视眈眈，都让名臣们束手无策，只能坐以待毙。
淮安一带，因此成为了高谦驻足立脚的地方。
高镇原来自徐州撤到淮安的兵马就有几千人，高谦以这几千人作为骨干，疯狂扩充兵马，处处抢夺钱粮。
淮安府境内的清江浦，本来拥有“南船北马，九省通衢”的显赫地位，依靠河务、漕运带来的繁荣，富庶不下于扬州和苏杭。
高谦贪图清江浦的繁华富庶，先是要求淮扬巡抚路振飞在清江浦加征钞关五十万两，作为高镇扩军的钱粮。遭到路振飞拒绝以后，高谦干脆自己带兵前往清江浦抢掠，高镇官兵趁机在附近村庄到处抢掠焚杀，附近城镇、村庄，因此各结团练，拒绝高兵入城。
高谦恼羞成怒，把原属于路振飞抚标的一营火炮抢来，准备下令攻城。病情好转的史可法才醒来不久，就赫然见到这样官绅内讧的大场面，赶紧单骑赶赴清江浦，从中斡旋，婉转劝说，又指天发誓可以前往南京为高谦争取高官厚禄以后，高谦才放弃了强行攻城的打算。
这时候的江南一带，除了高谦的一支兵力（刚刚从数千人扩充至一万人左右），另外还有五支较为主要的军队：
其一，是驻扎在安庆的黄得功，他出身行伍，崇祯年间长期在南直隶江北、河南一带同张献忠、革左五营等部义军作战，升至庐州总兵。黄得功的勇卫营战力颇强，但在九江之战中被郭君镇打败，损失不小，现在正驻在南京上游的安庆。
其二，是驻扎在凤阳和滁州之间的刘良佐。刘良佐绰号“花马刘”，长期统兵在宿松、庐州、六安一带同义军作战，升任总兵官。他和凤阳总督马士英关系密切，一同盘踞凤阳、庐州、滁州。
其三，就是名义上节制着黄得功和刘良佐的凤阳总督马士英。不过马士英虽然名义上能够节制黄、刘二镇，但实际上根本无法调动黄得功的部队，之所以还能够调动起来刘良佐的军队，也只是因为两人利害关系一致而已。不过值得注意的是，马士英手上掌握有一支尚具备一定战斗力的督标部队，并非手无寸铁。
其四，就是浙江巡抚黄鸣俊麾下的浙勇团练。黄鸣俊和四川明军名将曾英一样，都是福建莆田人。自从左良玉覆灭，崇祯下诏开办团练以来，东南民风最为强悍的浙江就首当其冲，许都就是浙江团勇的代表人物之一。浙勇虽然缺乏训练，但是人数众多，兼且风俗彪悍，因此就使得本来地位不显的浙抚黄鸣俊成为了南都方面一个极重要的人物。
其五，就是来自福建的郑氏了。郑芝龙原先是海盗，受招抚以后，在崇祯年间曾奉命镇压福建、江西、广东的“山寇”和“海寇”，由参将逐步升到总兵官。他在福建势力根深蒂固，兄弟郑鸿逵又驻军在江南，可以影响到南都政局。更为重要的一点是，郑氏兄弟与浙抚黄鸣俊都是福建人，这就使得他们慢慢走近，在南都形成了一种新的力量。
自从崇祯皇帝“蒙难”，音讯不明以后，皇太极就以北京朝廷的名义，册潞王为监国、福王为南京总戎，一掌政权，一掌军权，但实质上，两个藩王其实都不过是一权都无。
真正的权力，来自于利用潞、福二藩党争的各色人物。
福王由于万历年间争国本的旧事，不可能受到江南东林党和复社一系人物的欢迎，所以这些江南士绅当然是竭力支持潞王。
江南士绅掌握士林清议的舆论力量，所以就大肆造谣，声称福王有所谓的“七不可”之罪。这些囿于门户之见的官绅，自己不够掏钱组建团勇武装，就想到了和高谦看起来关系密切的史可法，于是便借潞王监国的名义，下令调高镇至浦口护卫南京，实则无异于是在向福王示威。