郭君镇、刘希尧和蔺养成在武昌会师以后，又获得了高一功和湖北绅商耿应衢的全力支持，在补充完种种水师作战所需的辎重物资以后，便千帆并进，顺流东下，直趋九江城下。
九江一役，闯军作战计划完全由郭君镇一手拟定。郭君镇性情乖张霸道，眼高于顶，他没有和武岳节度使高一功以及刘希尧、蔺养成两位水师统帅商议，就直接确定了先攻小池口的战略方针。
郭君镇断定小池口城小狭窄，难以抗衡闯军水师船只运载的火炮。而且九江的供给，多由小池口方面用小划船运至。罢黜小池口，撤其犄角，固我藩篱，可以解决之后攻取九江的后顾之忧。
因为明军疏于防范，楚闯水师以小船夜袭，轻易得手，随即又派兵登上江岸，袭烧了后山营垒，赣勇因此大溃北逃。
至此日天明，江西总督袁继咸原本设置在桂家、渡河桥一带十余座营垒亦被毁平。之后郭君镇才派出蔺养成率部行动，蔺养成是革左五营中最先投靠李来亨的豪帅，所以他虽然也不满郭君镇盛气凌人的态度，但依旧听命行事。
闯军水师派出炮船，移营小池口驻泊，狂轰滥炸，用新铸红夷炮击毁城外坚垒数座，充分发挥了水师的火力优势。袁继咸修建的石城工事遭到严重破坏，守军甚至不敢站立到女墙上防守，城内也不敢举炊。
第三天，郭君镇和刘希尧完成总攻准备，陆师登岸强攻城门，闯军将士们将早已准备好的稻草堆叠在地上，障身而进，顷刻之间，就把壕沟填满。
小池口守军士气完全崩溃，陆续放下武器投降，九江失去特角，补给完全切断，形势已然孤立。
但是九江一带毕竟地势险要，虽然赣勇战力不强，可是袁继咸却是一个很有才干的督抚大臣，又获得了江西士绅的鼎力支持，陆续将九江守军增加到了明军官兵六千余人、赣勇一万余人之多。
江南明军中最善战的勇卫营大将黄得功，也派遣数千兵马到九江协防。
正当袁继咸获悉小池口失守而紧锣密鼓加强九江防守的时候，郭君镇抓住明军全力注重九江防御的好机会，密令蔺养成分派小划船及北岸陆师快速前进，出其不意地攻袭湖口要塞，再剪除九江下游犄角。
湖口是长江锁钥，天险林立，绝壁悬岩，水流湍急，使人望而生畏，极难攻克。蔺养成率领的渗透部队，又缺乏炮船，兵力数量也不多，但他潜行迂回，出乎敌人的意料之外，埋伏于湖口后山，等待水师攻击后偷袭。
负责防守湖口的明军将领田雄是黄得功的部下，可是田雄麻痹大意，对于蔺养成的行动茫然无所知。当闯军水师主力对九江展开牵制性进攻的时候，蔺养成也密令渗透至湖口附近的众多小划船放火船袭扰湖口要垒。
当田雄的注意力完全被江面上的水师吸引以后，蔺养成便亲率陆师，在湖口后山发动冲锋，陆师由山顶俯冲而下，勇卫营猝不及防，出营奔溃。
这一支部队本来是袁继咸极为仰仗的明军精兵，却因为田雄的失误，导致未经一战便自行奔溃。守卫九江的江西本地军队，受此影响，军心大乱，不复能战。
郭君镇趁机下令各部发动总攻，与刘希尧一起陆续攻破石钟山和梅家洲等处赣勇营垒，势成摧枯拉朽。
到这天晚上，蔺养成率领渗透的陆师奇兵部队登城，郭君镇则分道水陆截击，闯军得以攻破湖口要垒。田雄率军溃围逃走，袁继咸闻讯以后，扼腕叹息，他向北方朝拜一番以后，便欲投水自杀，但跳水后侥幸未死，又被幕僚救起逃去南昌。