崇祯年间，各地发生大疫并不算什么新鲜事。崇祯九年，延安就发生过大疫；十二年，也就是李自成潜伏商洛那一年，陕西遭遇蝗灾，饿死者僵尸遍野，疫气弥散，又曾引发大疫；十四年，京师、河南均发生大疫，死者无数。
然而，今年直隶的大疫却特别严重，不但持续时间长，蔓延范围广，死者极多，而且发生了许多离奇古怪的事情。
这些事情在京城四处被加油添醋地迅速传播，更给全城增添了恐怖的气氛。
大疫是在秋天开始发作的。
传说一天晚上，保定夜巡者在街头突遇一位老人。老人叮嘱他们：“夜半时分，有个一身缟素、哭哭啼啼的妇人会从这里向东走去。你们千万要拦住。如果让她过去，会有灾祸临头。只要等到鸡鸣，事情就过去了。我是这里的土地神，故来相告。”
到了半夜，果然自西向东走来这么一个妇人。夜巡者当即予以拦阻。五更过后，巡逻士兵偶尔入睡，妇人乘机向东边走去，旋即返回。她用脚将一个士兵踢醒，说：“我是丧门神，上帝命我来惩罚此地，你怎么能听老头的话来拦我？灾难就从你开始！”说罢人就消失了。士兵害怕，奔回家中告诉家人，话还没有说完就倒地身死，而北直隶大瘟疫就从那天开始了。
疫情持续数月，到十月底变得格外严重，死者累计已达二十余万。因为许多患者身上长出疙瘩，所以疫病又被称为疙瘩病。这时各种传言更多了，有些事情是有名有姓的。
如一个叫曹良直的小京官，正在家中向客人敬茶，突然歪下去死了。一个刚被授为温州通判的宜兴人吴彦升，家中一个仆人死了，另一仆人去买棺材，竟死于棺材店。名姓不详的传闻则更多，如说两个偷儿，一个入室行窃，一个爬在屋顶上接赃，下面的人刚刚把窃得的包袱托上去，上面的人刚刚接住，两人突然同时死去，而财物还悬在空中。
又说有新婚夫妇于成亲之夜同死于床上。
更怪异的是说有鬼物白天出行，用的银子都是纸变成的。这个谣传一出，许多商铺都赶紧在店内放置水盆，收到银钱后就丢进盆里，由钱的沉浮区别人鬼，判明真假。
当然，也有另一种说法。因为大瘟疫的爆发和传播，几乎和清军的进军时间、路线是完全吻合的。所以当然也就流传出了，这是清军随军携行的萨满巫师，使用妖术在摧残明朝的元气。有官兵亲眼看到满洲人把符咒和绘有神鬼图像的木桩，埋在了城隍庙下。
这种说法看起来是无稽之谈，但其实颇有依据。因为清军的进军路线，就是一条杀戮的路线，沿途尸横遍野，很容易就成为瘟疫的策源地。而清军队伍里数量不少的蒙古人，还可能从草原上带来带有病毒的老鼠和跳蚤，成为病原体的传播者。
大瘟疫同时对明朝和正在北直隶一带活动的清军造成了极大的影响，阿巴泰早前就已经向河间府一带北上。而一直逗留在黄河流域的图尔格，他虽然口口声声号称要南下向闯军复仇，可实际上却畏惧于闯军的兵势，借口大瘟疫的到来终于也准备撤回关外。
疫情以人口最密集的京师和清军逗留最久的黄河沿岸最为严重，所以无论是阿巴泰和图尔格都制定了一条绕开京师撤回关外的路线。
大疫改变了清军的进军方向，但它对明朝的影响显然更大一些。
大疫使崇祯非常忧惧，特别是人们都惯于从征应、休咎的角度来解释天灾，严重的疫情便很自然地被视为不吉的征兆。虽然没有人敢在崇祯面前提及亡国二字，但崇祯自己已经不止一次有过最坏的联想。
他不断地去奉先殿祈求列祖列宗保佑；当紫禁城中也有人感染瘟疫后，他又把张天师接进宫来书符、喷咒、奉经请解，但直到十月尚无缓解的迹象。
令他稍感宽慰的是，尽管征兆是如此不吉，可是孙传庭的表现却极好，送来了一封接着一封的报捷文书，让崇祯得以安心，受到鼓舞。
特别是崇祯收到了孙传庭从灵宝送来的报捷疏，当读到官军在汝州和新安连连大捷，杀死无数贼兵贼将的时候，他情不自禁地连拍御案说：“好！好！”
接着又读到“臣誓扫清楚、豫，荡尽贼寇，必不敢遗一贼以贻国家之患，以解君父之忧”一段话，他兴奋之极，连读数遍，流下了激动的眼泪。
“去！”他对侍立一旁的太监说，“传谕阁臣和兵部、吏部、户部、工部的堂上官，立刻去平台等候召见！”
说罢，他先去坤宁宫，将前方大捷的消息告诉周后，又与周后一起乘辇去奉先殿，感谢祖宗显灵，使“剿贼“军事如此顺利。并祈祷列祖列宗继续庇佑，让孙传庭再接再厉，廓清宇内，从此海晏河清，国祚永续……
当他来到平台时，阁臣和三个部的尚书、侍郎都已到齐。众臣对于突然奉诏进宫的原因并不完全清楚。他们猜到可能与前方战事相关，但不懂为什么要把吏部、工部官员也召来。
崇祯在龙椅上落座。应召的官员们依次向他行了常朝礼，分两边立定。崇祯怀着抑制不住的兴奋之情，向大家介绍了孙传庭出关后一路大捷的情形。
说着，他从御案上拿起孙传庭的报捷疏让众人传阅。一个太监赶紧弯腰上前，接过奏疏，先递给站在最前面的首辅周延儒。很快，从内阁辅臣到各部尚书、侍郎都读了一遍。当众臣传阅之时，崇祯注意地看着各人的反应，希望看到与自己同样振奋的表情。